Les Belges héritèrent de cette colonie après leur victoire sur les troupes de protection de l'Afrique orientale allemande à la fin de la Première Guerre mondiale. La Société des Nations confia la tutelle du Ruanda-Urundi à la Belgique. Celle-ci considérait – avec les pères blancs toujours sur place – la situation héritée de la colonisation allemande comme correspondant à un état social multi-séculaire. Ils imposèrent les Tutsi pour exercer l'autorité sous la tutelle de l'administration coloniale ; même dans le nord-ouest du Rwanda où régnait une monarchie dominée par des agriculteurs hutu, plus ou moins soumise à la dynastie royale d'éleveurs tutsis du reste du Rwanda.
L'encouragement cynique de la Belgique à un clivage racial ethnique largement artificiel entre les Tutsis et les Hutus de la région a conduit à des conflits ont finalement abouti au génocide le plus rapide et le plus brutal de l'histoire, au Rwanda en 1994. Le génocide a fait 800 000 morts selon l'ONU et plus d'un million selon les autorités rwandaises.
La société traditionnelle rwandaise perçue par le colonisateur favorisa les Tutsi dans l'accès aux études et à la gouvernance, tandis que les Hutus et la petite composante des artisans twas furent cantonnés à des activités subalternes.